В конце 1930-х годах на месте современного города проходило строительство Северной железной дороги.
В 1937 году в Микуньском поселении начал функционировать лагерь политзаключенных.
В 1945 году при железнодорожной станции Микунь был основан поселок.
В 1947 году по указу властей Коми АССР населенный пункт получил статус рабочего поселка.
В конце 1940-х годов в поселке работали завод домостроения, электростанция, лесопункт, железнодорожное училище, начальная школа, детский сад, медпункт, несколько магазинов и 45 жилых домов.
В 1948 году в состав Микуни были включены совхозы Микунь и Шежам, железнодорожная станция Шежам.
В марте 1959 года поселок Микунь получил статус города районного подчинения.
В 1960 году в подчинение Микунскому горсовету были переданы поселок Шежам, железнодорожные станции Вежайка, Лесная, Певью, Шежам и Яренга.
В 1961 году была введена в эксплуатацию железнодорожная линия до Сыктывкара.
